由于雞大腸桿菌在臨床上的表現呈多樣性，因此大多數病例僅靠臨床癥狀和病變很難確診。確診應結合病原的分離和鑒定，排除其他病原感染(病毒、細菌、支原體等)經鑒定為致病性血清型大腸桿菌，方可認為是原發性大腸桿菌??；在其他原發性疾病中分離出大腸桿菌時，應視為繼發性大腸桿菌病。（養雞那點事 QQ群：368032430）
   
    鑒別診斷：其他許多微生物可引起類似于雞大腸桿菌引起的病變。如滑膜炎一關節炎可由病毒、支原體、葡萄球菌、沙門氏菌及其他微生物引起?？蓮碾r雞和胚胎卵黃囊內單獨或同時分離到多種微生物，如克雷伯氏菌、芽孢桿菌、葡萄球菌、腸球菌及梭菌等。心包炎也可由衣原體引起，巴氏桿菌和鏈球菌也可引起腹膜炎。氣囊炎可由支原體、衣原體和其他細菌引起。急性敗血癥疾病也可由巴氏桿菌、沙門氏菌、鏈球菌和其他微生物引起。引起肝臟肉芽腫的原因很多，如真菌屬和擬桿菌屬的厭氧菌。