真菌感染可以根據一些部位的病變初步診斷。
   
    口腔部可見口腔潰瘍，上皮細胞脫落。掰開喙，可看到口腔粘液拉粘絲且灰白狀（正常的應為晶狀透明的）無臭味。咽部：水腫，極少充血。多呈白色略黃氣管：外觀，白色或淡黃色，不透明。也有的氣管紅一塊白一塊，成斑斕狀，紅多白少。氣管內有白色分泌物或黃色分泌物，污濁，分泌物能拉很長的黏絲（不同于細菌和病毒感染）嗉囊：急性的、內涵酸敗的飼料，內膜脫落，嗉囊膜變薄透明無彈性，看不到上面的毛細血管。慢性的：嗉囊內膜局部脫落，有的內膜上有節結（念珠菌）。腹部：切開胸部可見胸部皮下有條狀白色物質。被一層類似絲綿狀的網罩住，附著在胸肌表面。腹部皮下脂肪表層位于臍帶處呈放射狀網狀發黑，或者就像貼了一層黑網。有的脂肪為深杏黃色。腿部：可見大腿內側肌肉敗血狀，神經顏色變淡或灰白色，腿肌上有帶狀云狀出血。腿關節壞死。腹腔內臟器的變化：首先看腸系膜發黑。
  
    小腸腸道外觀是乳白色的。嚴重的腸道變粗。腸壁變薄透明，可見內容物，小腸內膜脫落。腸壁毛細血管消失。直腸：嚴重出血。粘膜脫落。肌胃：內容物變成黑色，雞內金顏色變黑。角化，嚴重的上面有穿孔。內金和肌肉不易剝離。腺胃：松弛，無彈性。嚴重的腺胃肌胃之間穿孔。腺胃乳頭萎縮?？汕逦目吹较傥溉轭^底部肌肉中的毛細血管。肌肉顏色發暗。肝臟：顏色變深發紫，邊緣尤甚，有的整個變黃但不增大（和脂肪肝區別）后期嚴重的就是“橡皮肝”。膽囊：早期，是正常的5---6倍，膽囊充盈。嚴重的后期膽囊萎縮氣囊：氣囊膜渾濁，表現為黃色、青色。膜增厚。膜上有的有小點梅花狀，有的有灰色或者黃色附著物。在氣囊膜和肺臟及肋骨3點交界處常有豆腐渣樣物顏色為深橙色（和霉形體區別）。這一點非常重要，是判斷的依據。肺臟：有的壞死，有的充血。嚴重的肺臟內的血管形成栓塞。心臟：膨大是正常的2--3倍。心包積液。心室內膜異常。死亡的雞心房存有大量淤血。脾臟略腫大。腎臟腫。胰腺出血。