在應用抗菌藥治療畜禽疾病的過程中，除要密切注意藥效外，還要注意可能出現的不良反應。對肝臟功能不全的病例，應禁用或慎用磺胺類藥物，還應調整給藥劑量或延長給藥間隔時間，以盡量避免抗菌藥物的蓄積中毒，同時還要注意抗菌藥物在動物性食品中的殘留問題。
   
    動物機體的體質狀態不同，對藥物的反應也有一定差異。體質衰弱或營養不良的動物對藥物的敏感性較高，易產生不良反應。新生的幼齡動物，南于血腦屏障機能尚未完全形成，對藥物的敏感性較高，所以，不少藥物對幼齡動物可能出現明顯的不良反應。許多抗菌藥物，特別是磺胺類，用量過大或混飼時攪拌不勻，易引起畜禽中毒。在臨床實踐中，要注意所用抗菌藥的規格大小，嚴格掌握用法用量，從而把對機體的有害作用降低到最小程度。一些抗菌藥物能引起家禽的生產性能下降，如磺胺類藥物可使產蛋量下降，用抗菌藥物浸泡種蛋可降低孵化率，一些抗菌藥能影響禽體的維生素平衡和免疫反應等。