防疫是肉雞飼養管理中重要的一個環節，肉雛雞用疫苗免疫傳染病的種類較多，如新城疫、傳支、法氏囊、腦瘠髓炎、雞痘等十幾種，要防好，就要選“GMP”生產廠家，保證質量，科學地安排接種時間，把雞新城疫、法氏囊、雞痘、傳支等病原體等病毒類疫苗，按使用時間、按要求的日齡順序編排起來稱為程序，按程序接種相應疫苗產生特異性抗體來預防相應傳染病。
4日齡用腎傳支疫苗滴眼，7日齡新城疫疫苗飲水，12日齡法氏囊苗飲水，21日齡注射禽流感疫苗，30日齡再各自加強免疫一遍，有好的雞品種，沒有好的免疫程序，沒有好質量的疫苗，沒有好的環境，沒有好的管理，就等于沒有好雞養。甚至感染法氏囊、新城疫病毒傳染病，以至造成雞群數目的缺損，而使育雛群失敗。