近年來，抗菌藥的使用已經成為養殖業中的一部分，正確地使用抗菌藥，能及時預防和治療動物疾病，而且減少獸用藥物殘留。如果對抗菌藥使用不當，會產生許多不良的后果。
    正確診斷是選擇藥物的前提，動物發病后，應及時通過病理剖檢、臨床診斷、實驗室檢測等各種診斷手段作出正確診斷，找出病因。每一種抗菌藥物都有其相應的抗菌譜和適應癥，應根據診斷結果，弄清楚病原菌的類型及其對抗菌藥的敏感性，從而選擇對病原菌高度敏感、副作用小的抗菌藥物進行治療；有條件的可以定期分離培養病原菌后，進行藥敏試驗，并根據病畜禽的患病輕重情況，來選用高敏藥物。表1列舉了獸醫臨床常見的革蘭陰、陽性細菌感染選擇用藥的情況，供參考。
    抗菌藥物要在機體內發揮殺滅或抑制病原菌的作用，必須在特定組織或器官內達到有效的血藥濃度，在用藥時要考慮藥物在機體內的半衰期、藥效以及維持時間，這就要求抗菌藥物必須有合適的劑量、間隔時間及療程。同時，血中有效濃度維持時間受藥物在體內吸收、分布、代謝和排泄的影響。有關資料表明，有效血藥濃度應至少大于最小抑菌濃度(MIC)，血藥濃度如大于MIC值的2～5倍，可取得較好的治療效果。因此，在考慮各抗菌藥物的藥物動力學、藥效學特征的基礎上，要結合畜禽的病情、體質等，制定合理的給藥方案，包括給藥途徑、劑量大小、間隔時間及療程長短等。此外，獸醫臨床藥理學提倡要根據藥物動力學參數制定給藥方案，特別是對毒性較大、用藥時間較長的藥物，最好能夠通過血藥濃度高低的監測，作為用藥的參考，以保證抗菌藥物的療效，減少不良影響的發生。一般來說，對于危重病例應以靜脈注射或肌肉注射給藥，消化道感染以內服為主，消化道感染并伴有敗血癥感染病例，在內服前提下，應配合注射給藥。
    在應用抗菌藥治療畜禽疾病的過程中，除要密切注意藥效外，還要注意可能出現的不良反應。對肝臟功能不全的病例，應禁用或慎用磺胺類藥物，還應調整給藥劑量或延長給藥間隔時間，以盡量避免抗菌藥物的蓄積中毒，同時還要注意抗菌藥物在動物性食品中的殘留問題。動物機體的體質狀態不同，對藥物的反應也有一定差異。體質衰弱或營養不良的動物對藥物的敏感性較高，易產生不良反應。新生的幼齡動物，南于血腦屏障機能尚未完全形成，對藥物的敏感性較高，所以，不少藥物對幼齡動物可能出現明顯的不良反應。許多抗菌藥物，特別是磺胺類，用量過大或混飼時攪拌不勻，易引起畜禽中毒。在臨床實踐中，要注意所用抗菌藥的規格大小，嚴格掌握用法用量，從而把對機體的有害作用降低到最小程度。一些抗菌藥物能引起家禽的生產性能下降，如磺胺類藥物可使產蛋量下降，用抗菌藥物浸泡種蛋可降低孵化率，一些抗菌藥能影響禽體的維生素平衡和免疫反應等。
    在獸醫臨床上，當動物病情危急或發生不明原因引起的嚴重感染、混合感染時，或者用～種抗菌藥物難于控制病情時，可以考慮聯合應用抗菌藥物。聯合用藥一般限于兩種抗菌藥的聯合，最多不宜超過三種。聯合用藥的目的在于擴大抗菌藥的作用范圍、提高療效、減小劑量、降低或避免藥物的毒副作用、減少或延緩耐藥性的產生等。聯合用藥的基本原則是，所用的兩種藥物作用機理不同，并且聯合應用時應具有協同作用。下表2列出了抗菌藥可能有效的組合，以供參考。在獸醫臨床實踐中，鑒于目前動物疾病復雜、混合感染增多的現狀，聯合用藥是最有效的治療手段之一。但是，因藥物配伍禁忌造成藥效降低、疾病不能有效控制的事件時有發生，可見，藥物聯用時配伍禁忌的問題不容忽視。所謂配伍禁忌是兩種或兩種以上抗菌藥物配伍時，可發生兩種截然不同的效果。第一是作用相加或協同。療效增強，臨床宜于多用；第二是存在藥理作用相反，出現拮抗作用(如青霉素土霉素與的配伍)；或者兩種藥物發生化學變化，成為第三種物質(如青霉素與鹽酸氯丙嗪、重金屬相遇，則分解沉淀)；或者會增加另～種藥物的毒性(如磺胺類藥與氯化胺合用，氯化胺可使尿液酸化，增加磺胺對腎的毒害作用)等。南此可見，獸用抗菌藥的合理配伍，可達到協同作用或相加作用，從而可增強療效；配伍不當則可發生拮抗作用，使藥物之問的相互作用抵消，療效下降，甚至產生毒副作用。聯合應用抗菌藥應掌握適應癥，爭取協同配伍，避免拮抗作用。
    動物機體的免疫力是協同抗菌藥的重要因素，在治療過程中切忌過分強調抗菌藥的功效而忽視機體內在因素，往往是導致治療失敗的重要因素之一。因此，在應用抗菌藥物治療感染性疾病的過程中，必須強調綜合防治的重要性。根據患病動物的種屬、年齡、病理狀況，在治療過程中應加強動物的飼養管理，通過改善動物舍內溫度、濕度和衛生條件，并糾正機體酸堿平衡失調，輔以全價營養，補充能量，提高機體抗病能力，促進動物疾病的康復。因此，只有認真做好綜合防疫措施，才能提高機體的抗病能力，充分發揮藥效，減輕疾病的癥狀，從而更有效地控制疾病的發生。另外，在獸醫臨床實踐中，應規定停(休)藥期和藥物應用限制要求。規定停(休)藥期的目的是為了減少或消除藥物及其代謝性產物在食品中的殘留，以防止危害人體健康。對于肉雞，一般在宰前7天左右應停止給藥；對于產蛋雞，在疾病治療期間產的蛋一般不留做食用，以保證產品無藥物殘留。